代物弁済(借金を返せなくて不動産で返して頂く)は、債権者は、債務者に対してどうやって実行するのでしょうか?

代物弁済はあくまで契約なので、当事者双方が納得ずくであれば、通常の所有権移転手続を行えばいいだけです。

当該不動産がいくらに相当するのかは当事者同士が話し合って決めることであり、自動的に定まるものではありません。

移転登記完了時に（評価額対等額で）債権は満足して消滅します。

であれば、別の質問にも回答しましたが、強制執行を考えるべきということになりますね・・

た

代物弁済とは，債務の金銭による弁済に代えて，物の給付によって債務を消滅させる効果を持つ契約です。ですから，債権者及び債務者の合意により代物弁済契約を締結することになります。その契約書には，債務を特定（債権者，債務者，発生年月日，弁済期及び利率などを記載）して，その債務の弁済に代えて，不動産（登記簿謄本などに記載されている事項を物件目録などで特定する）を給付することを記載すればいいでしょう。詳しくは書式集などで確認されてはいかがでしょうか。その上で，不動産の登記を債権者に移転することで債務が消滅することになります。

質問者さんは「実行」という表現を使われていますが，あくまでも当事者の合意によることになります。債権者の側が代物弁済という方法で債権回収を図るとすれば，債務者に話を持ちかけるくらいのことしかできないと思います。