Hatena::Diaryのデザインを大きく変えたいと思っています。テーマを排除してオリジナルのデザインに変えたいのですが、その簡単な方法を分かりやすく教えてください。基本的な知識もほぼありません。よろしくおねがいします。

テーマを排除するのではなく、自分でテーマを作ったらいいでしょう。

「テーマを作るには？」の箇所を参考にしてください。

管理→デザイン　から、詳細デザイン設定を選ぶと、デザインに関する詳細な設定ができます。いちからつくるのなら、テーマはdefaultを選んでおきます。

はてなダイアリーのデザインカスタマイズは主にスタイルシートで行います。はてなダイアリーガイド「CSSセレクタ」において、レイアウトに用いられている各部分の名称が解説されていますので、それを参考にしてスタイルシートを書くことができます。書いたスタイルシートを、詳細デザイン設定のスタイルシートの欄に記述すれば良いです。

上記のはてなダイアリーガイド内にもよく使われる用法は紹介されています。しかし、スタイルシートそのものがよくわからないのであれば、関連書籍や解説サイトで勉強しないことには１から作ることは難しいと思います。既存のテーマを適用したうえで、一部分ずついじってみてはいかがでしょうか。