パソコンに詳しい方に質問です。

BIOSで認識しなくてもWindows上で使用するだけなら問題ありません。

BIOSで正しく認識できない場合に困るのは、そのドライブからBootしたい場合と、BIOSを使用してアクセスするタイプのOSを使用した場合です。

これには、DOS、Windows95～MeとNTあたりが該当すると思います。残念ながらそれ以外は知らないです。

WindowsXPは大丈夫です。

参照すべきURLをつけられなくてすみません。

というよりまず、逆質問のような形になって申し訳ないのですが「パラレルATAのHDDを認識しないようにしています」というのはどのような状態でしょう。

通常、最近のマザーはHDは自動で認識して、ユーザーがあまり設定値を変更することのないようになっています。

HDの設定についてはBIOS設定画面の「Standard CMOS Features」から各IDEの項目を設定するようになっていますが、ここを変更したということでしょうか？

そもそもBIOSの認識できないデバイスはWindowsも認識することはできません。

もしかしたらと思ったんですが、「Advanced BIOS Features」の項目から「Boot Sequence」の「Hard Disk Boot Priority」で、SATAを選択しているので「PATAを認識していないようにしている」と思っていられるのかな？と思ったり。

いずれにしてもPATA、SATAの両方がマザー上に存在する状態であっても、上記で触れた、「Advanced BIOS Features」の項目から「Boot Sequence」の「Hard Disk Boot Priority」で上位に来ているほうからBootするようになっていますので、PATAからBootさせるのもSATAからBootさせるのも、自由自在なわけです。

bootさせるHDを特定するために他のHDをBIOS上で殺してしまうというのはありえない話なんですが。