参考になる回答には５０Ｐさしあげます。

上記は販売管理ソフトの紹介ですが、一連の流れの参考になると思います。

URLはダミーです。

できれば仕入先から出荷データを送信して貰い、商品受領時に発注データと自動照合する機能があったほうが良いでしょう。

不一致が発生した場合のみ、訂正伝票や赤伝を発行、若しくは訂正入力します。

検収結果を日次処理で仕入先に送信し、仕入先ではその確認を行います。

上記でトラブルの回避になるのではないでしょうか。

　基本契約で物品受領書で請求書を作成することを双方合意すればいいだけです。お互いに４千円の収入印紙が必要ですが。これまでの基本契約を覚書で訂正した場合でも４千円必要です。

　問題として検品で数量が違った場合を仰っていましたが、大量に注文して個数が違っていた場合どうされていました？納品書に１００個と書いてあるのに９８個しかない場合とか。

　受領して直後に検品して、納品書なり受領書の個数を修正してハンコ押していたなら、検品により得た個数で受領書を渡せばいいだけです。また一端入庫後検品して差異があったら連絡してというやり方なら物品受領書の訂正方法について基本契約の中で結んで行えばいいでしょう。

　どちらにしろ、請求書を発行するまでに両者が納得する状態にしておかないといけないということです。