SSLの仕組みについて良くわかるサイトを教えてください。

PHPからのメール送信プロトコルはSMTPであって、SSLを使用しませんので、暗号化されません。

SSLは、Webブラウザとユーザ間のHTTP通信の暗号化に使われるもので、メール送信とは無関係です。

メールサーバとユーザ間の通信を暗号化する技術として、SMTP over SSL などがありますが、この場合はサーバ間の通信なので無関係です。

結論から言うと、SSLによるメール暗号化はクライアント(MUA)とメールサーバの間でだけ行われ(さらに通信経路上でだけ暗号化されるので、向こうのメールサーバのサーバアプリに渡るときには復号される)、サーバ間は平文で流れます。APOPなどと同じでサーバのパスワード(これも普通は平文で流れてしまう)を盗聴されて勝手にメールを見られないため・SPAM配信などの不正なサーバ利用を防ぐためという意味合いが強いようです。

また、ご質問の例ではhttpsで守られているのはユーザがフォームに書き込んだ内容をWebサーバに送る部分だけで、Webサーバ上で走るPHPスクリプト自体はSSLレイヤを抜けてきて復号された裸の内容を扱うことになります。PHPスクリプトからのメール送信の部分でSMTP over SSLを使っていないとすると、その部分も平文ということになります。

２番目のURLはPGPを使って、注文メールをお店に暗号化して送りますというサービスについての説明です。

内容を秘密にする目的であれば、PHPスクリプトのところでPGPなどで内容を暗号化することになると思います。

３番目、４番目のURLの掲示板のスレッドで、Perlでですが似たようなことをやろうとしている人の質問とそれについての意見が出ています。

個人情報をカットしたメールになると思います。

その場合は、たとえば

お問い合わせはDBに貯める。

↓

お問い合わせがあったら、担当者へメールをとばす。

※内容は ”いまお問い合わせがありました！” という内容、問い合わせ日時、内容を確認できるURL(管理画面) のみ

↓

担当者は、管理画面のURLにアクセスし、お問い合わせの内容を確認する

※管理画面には、SSLはもちろん認証（Basic認証、IP制限など）がかかっている

といった流れになります。

担当者へ送るメールの内容にどうしても個人情報を載せたい場合は、２番の方のご指摘のようにPGPなどをつかう必要があると思います。