さくらインターネットを利用しようと思っています。複数ドメインでそれぞれ別のホームページを表示する際には、リダイレクトやエイリアスを使うようです（同社ＦＡＱより）

ディレクトリ構成例：
htdocs（xxx.jp）
　├　index.html
　├　yyy（フォルダ）
　└　└　index.html

htdocsにはxxx.jpドメインとした場合、
「http://www.xxx.jp」でも
さくらインターネットの付与ドメインである
「http://www.zzz.sakura.ne.jp」でも表示されてしまいます。
同じように、yyyのホームページも「http://www.xxx.jp/yyy」でも、サブドメインとして設定した場合、「http://yyy.xxx.jp」でも「http://www.zzz.sakura.ne.jp/yyy」でも表示されます。
リダイレクトやエイリアスで飛ばすのはいいのですが、実体があることによる検索エンジン等などのペナルティはないでしょうか？
また、「http://zzz.sakura.ne.jp」等の本来表示させたくないドメインを表示させないことはできるのでしょうか？