特殊（？）な環境における、ファイルのパーミション変更の方法について教えてください。自宅使用しているノートPCのHDDでパーティションを切り、Apacheをインストールしました。このApache上にのっかっている各種ファイルのパーミションの変更を行うにはどうすればよいでしょうか？

DOS画面やFTPソフトでローカル環境にアクセスして行うのでしょうか？トライしてみたのですが、どちらからもはじかれてしまいます。。。解決策についてご存知の方がいらっしゃいましたらお教えください。
よろしくお願いします。