今、米軍基地再編問題でガタガタしていますが、そもそも今のように日本国内に多くの米軍基地が存在し、それも実に米軍が勝手、すき放題の使用が許されているといった事の発端というものは何でしょう。誰が、何時、どういった経緯でこのことを決めたのか、許したのか、どういう文書でそれが残されているのか詳しく、かつわかりやすく説明してください。

日米地位協定

http://www.mofa.go.jp/mofaj/area/usa/sfa/

「日米地位協定とは？

日米地位協定は、日米安全保障条約の目的達成のために我が国に駐留する米軍との円滑な行動を確保するため、米軍による我が国における施設・区域の使用と我が国における米軍の地位について規定したものであり、日米安全保障体制にとって極めて重要なものです。

」

在日米軍基地の存在理由については、この辺を読むといいかと。

http://mltr.e-city.tv/faq05.html#cs

要するに、日本が自前で米軍並みの装備をそろえようとすると、それだけで財政がパンクしかねない。

それよりは米軍駐留のほうが、思いやり予算を払ってもなお安上がりだってことですね。

その法的根拠は日米安保条約

http://www.jda.go.jp/j/library/treaty/anpo/anpo.htm

に拠ります。

米軍が好き放題しているように見えるのは、このケース

http://mltr.e-city.tv/faq05c.html#00708

からもわかるように、外務省の能力の問題も一因であるようですね。

すべての発端は１９４５年の太平洋戦争敗戦時の無条件降伏です。

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%84%A1%E6%9D%A1%E4%BB%B6%E9%...

この結果、日本は米軍主体の連合軍による統治を受けました。

その後、１９５１サンフランシスコ条約で主権は回復しますが、

http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%B5%E3%83%B3%E3%83%95%E3%...

引き続き、進駐軍（占領軍）は在日米軍として存続していきます。

このため米軍と日本の関係は未だに占領軍と被占領民の関係が

続いているとも言えます。

もちろん日本経済も未だに米国による占領下（経済植民地）に

あると揶揄されるのは、周知のことです。

全ての原因は戦争に負けたまま、奴隷状態に甘んじてきた日本の

為政者にあるとも言えます。

諸悪の根源は日米地位協定http://list.room.ne.jp/~lawtext/1960T007.html

第二次岸内閣の時代、

1960(昭和35)年1月19日 ワシントンで署名

1960年6月23日 効力発生

「日米地位協定」とは１９６０年に締結された日米安保条約の 第６条にもとづく全２８条の協定で、米国の駐留軍の地位に関する協定です

。

アメリカはドイツや韓国などでも同じような地位協定を結んでいるようです。

http://soejima.to/souko/text_data/wforum.cgi?room=5&mode=new...

戦後の日本の首相では、吉田茂がこのことをじつによく分かっていた。ナショナル・インタレスト（国家の重大な利害）とか、ナショナル・セキュリティ（国家安全保障。と訳すより国家存亡の軍事国防問題と訳すべきだ）がよく分かっていた人だ。

　吉田はアメリカに選ばれたあやつり人形だと悪口を言われた首相である。だが彼は、日本が生き残ってゆくためには、アメリカの要請に応じて自衛隊は持つけれどもそれ以上の軍備は持たない、経済復興にだけ力を注いで国を豊かにし、国民を幸せにするのが日本の戦後戦略だ、と定めた。これが「吉田ドクトリン」である。だから日本は、武士の名誉を捨てて、アメリカの要求に屈伏して、ソビエト・中国封じ込め戦略（containmento policy コンテインメント・ポリシー）を東アジアで分担した。これが、軍事同盟条約としての日米安保条約である。

安全保障をめぐる吉田茂と岸信介、鳩山一郎の路線対立が吉田ドクトリンの勝利に終わったことで、現在の日米安保条約があります。

そもそも論で言えば、質問者の方がご指摘の

「一般的には、占領軍は期限を区切って占領するわけで、未来永劫的に占領するということはありえない」という論旨が何に基づくものなのかが気になります。

何か論拠はおありなのでしょうか？

月日が経てば自動的に占領軍が帰還していくというような法はありませんから、双方の国家間で法的に明確にしない限りいつまで経っても駐留軍は居続けるのが一般的だと思っていました。

戦勝国の支配下に置かれた国や地域のなかには、基地の有無以前に未だに"○○国領"のままとなっている地域も多数ありますし、戦後数十年を経た今でさえ独立国として認められていない地域もいくつもあります。

何を以って一般的というのかは難しいですが、戦争によって占領された国は、戦勝国との間で何らかの平和条約を締結することによって軍事的な支配下から開放されることが多く、日本の場合はそれが日米安全保障条約に当たるのでしょう。

また、このような場合の平和条約は不平等条約になりがちで、日米安全保障条約も同様です。

したがって、「地位協定があるから、ということでいえば、日本は未来永劫、アメリカの占領下にあっても仕方のないことということになりますが。」というご指摘は、その通りだと思いますよ。

All About［よくわかる政治］日米安保条約基礎知識

http://allabout.co.jp/career/politicsabc/closeup/CU20040706A...

とりあえずはこちらを。

「どういう文書でそれが残されているのか」については、1回目に提示した外務省のHP上で色々読めると思いますのでご自分でお調べ下さい。