FCバルセロナをバルサと呼びますが、

(1)バルセロナのことをバルサとは呼ぶが、

(2)対外的には「バルサ」と呼べば、まずフットボールクラブ（ＦＣ）バルセロナのことと理解される、ということのようです。

(1)の根拠は、スペイン語版ウィキペディアで、

http://es.wikipedia.org/wiki/Barça

"Barça" (pronunciado Barsa), diminutivo de la pronunciación de "Barcelona" (en catalán, pronunciada "Barsalona") ＝この町をカタラン語（いわゆるスペイン語に対し、スペインのこの地方の言語）で「バルサロナ」というが、「バルサ」という発音の"Barça"は、その指小辞（短縮された愛称）である、ということ。

(2)の根拠は、そうはいっても、ウィキペディアでBarçaを引くと、一般的な地名ではなく、ＦＣバルセロナの記事にとんでくるから。