例えば
港区 150％
北区 130％
目黒区110％
港区 150%
というように、同じ「港区」が二つある場合に、どちらかを消すための判断をしたい、ということです。「150％」の方から探すことはできないとして教えてください。
1000行以上あるので、なぞって探すのは難しい序興です。
No.1
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すべてエクセルでやるとしたらこんな感じでしょうか。
A列：通し番号を入れる
B列：区名
C列：パーセント
この状態でB列で並べ替え。（区名の順番にならぶ）
D列：各セルに
D2:=EXACT(B1,B2)
D3:=EXACT(B2,B3)
と順次入れて行く。（上のセルと区名が同じならTRUEと表示。入力はイコールから。）
E列：各セルに
E2:=EXACT(C1,C2)
E3:=EXACT(C2,C3)
と順次入れて行く。（上のセルとパーセントが同じならTRUEと表示）
F列：各セルに
F2:=IF(EXACT(D2,E2),=D2,"FALSE")
F3:=IF(EXACT(D3,E3),=D3,"FALSE")
と順次入れて行く。（区名、パーセントとも同じ場合TRUEと表示。）
このF列がTRUEの行を消して行けば良いと思います。
最後にA列で並べ替えして（必要であれば）元に戻す。
エクセル手元になく頭の中だけでやってるんでエラーになったらごめんなさい。
参考
No.3
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実際、データがどんなリストになっているかわからないのではっきりといえませんが、「オートフィルタ」機能が使えるのではないかと思います。
たとえば、リスト内の適当なセル（たとえば「港区」が入ったセル)を一つ選択して、[データ]-[フィルタ(F)]-[オートフィルタ]を選びます。すると、列ラベル（たとえば「区名」とか）に下三角のついたボタンが現れるので、ここをクリックするとその列にあるデータの値（たとえば「港区」とか「北区」あるいはその他の区名）のリストが表示されます。このリストからどれか一つを選択すると、その選択した値と一致する行だけが抽出されて表示されます。
これなら、たとえば「港区」が入った行だけを抽出して表示できますので、ここでどれを消すかの作業をすれば効率がよいのではないでしょうか。
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あーこれじゃだめですね。
これって、区なら区のラベルがなきゃダメって事ですよね。東京都北区○○と、大阪市北区○○があったらだめってことですもんね。