毎日 .gz 形式でのアクセスログが FTP にあがっていたとして、それを取得（できれば自動）してディレクトリごとにアクセス解析が出来るようなものだとベストです。
サーバ側にインストールするものは今回は対象外とさせてください。日本語ソフトでなくても OK です。
【よろしければこちらのご質問にもお答えください】
http://q.hatena.ne.jp/1152582086
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http://www.forest.impress.co.jp/article/2003/02/14/okiniiri.html
を使っています。
残念ながらログファイルのダウンロードや解凍は手動で行っています。
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■clickflow
有償（試用期間一ヶ月）ですが、これが非常に快適です。
むかし大規模サイトのログ解析にApacheLogViewerを使っていたのですが、一日のログが４００Ｍを超えるとハングるという状況に陥っていたので、代替ソフトを探していて、これに出会いました。
自動ではいけませんが、.gzファイルが直に読み込めるので、かなり便利です。
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あー、ありますねぇ、これ。