.jp .comを上位レジストラが取得する際にかかる費用はいくらなんでしょうか？

ＣＯＭやＮＥＴドメインの取得費用は、業者の営業努力ですので、高い安いで何か問題があることは無いです。

汎用ＪＰ【○○．ＪＰ】などは、登録料自体が違うので年額で高くなります。登録の際にも、より詳しい個人の情報開示が求められます。その分、信用性が増すというメリットがあるのかもしれません。

（個人の方は、【○○．ＣＯ．ＪＰ】などは取得できません。法人のみ）

私は、バリュードメインでもドメインを取りましたが、ムームードメインの方が非常に使いやすかったです。

ＣＯＭやＮＥＴであれば、年／８０８円

汎用ＪＰであれば　年／３６００円程度です。

http://muumuu-domain.com/

とりあえず.jpドメイン名の卸値に関して、以下の記事を参照下さい。

http://www.itmedia.co.jp/news/0101/25/jprs.html

卸値は3500円

　JPドメイン名を取得するには，JPNICへの直接申請と，JPNIC会員の指定登録業者を通じて行うという2つの方法がある。現在，登録費用は，JPNICに申請した場合が2万円。指定登録業者の場合はそれぞれ異なるが，JPNICでは1件あたり5000円の登録費用を指定事業者に請求している。指定事業者ではこれに料金を上乗せしてサービスを行っている。

http://internet.watch.impress.co.jp/cda/news/2004/07/06/3794...

具体的な価格についてはJPRSでは発表していないものの、汎用JPドメイン名の登録サービスを提供しているある指定事業者によれば、JPRSから指定事業者への卸売り価格が500円程度引き下げられるという。JPドメイン名は.comなどのgTLDに比べて高価だったため、これまで指定事業者でも価格の引き下げについてはJPRSに強く要望しており、今回これが受け入れられたかたちとなる。

以上からおおむね汎用JPドメイン名の卸値は3000円と推定されます。

.comの卸値は5ドルくらいだと聞いたことがあります。