サーバの再インストールが必要になったのですが、SSLの証明書は再発行してもらわなければならないでしょうか？CSRなどをバックアップしておけば大丈夫なのでしょうか？

証明書関係をバックアップしてあればOKです。

ドメイン名が変わるとダメですが同じまま単に再インストールなら大丈夫です。

SSLの証明書を構成しているファイルを採っておけば大丈夫でしょう。

必要なのは、

• サーバ証明書（SSLCertificateFile）
• サーバの秘密鍵（SSLCertificateKeyFile）
• CAの証明書（SSLCACertificateFile）

です。

あとは、再インストール後に導入時と同じように設定し直せばOKです。