生徒側は教育の経費を税金としてを支払っており、教師にタダでボランティアをしてもらっている訳ではありません。
教師側が給料を受け取る事は一つのビジネスとして成立している以上の理由付けは難しく思います。
「我が師の恩」と言う歌詞を歌う行為は、個人的に教師に恩を持つ人間がそれぞれの場で感謝し謳えば良い物であると考え、一斉に強制的される物ではないと考えます。
卒業式など重要に参加せざる得ない場所で、強制的に教師に向かって起立しを斉唱すべき事は「仰げば尊しに反対する者も少なからずおり、このような主義主張を持つ者の思想・良心の自由も、他者の権利を侵害するなど公共の福祉に反しない限り、憲法上保護に値する権利。 起立や斉唱の義務を課すことは思想・良心の自由を侵害する」
一方的な一定の理論や観念を生徒に教え込むことを強制することに等しく、教育基本法10条1項で定めた『不当な支配』に該当し違法すると考えられます。
例えば、生徒が卒業パーティーを主催して教師を招き、教師の信条に反するような歌を斉唱したとしましょう。これに対して教師は歌うのを止めることを強制出来ないですよね。教師に出来るのは、席を立つ事だけです。
学校行事は学校が主催するものですから、生徒に対して何を歌うか指示することは出来ると思います。それに対して、生徒が出席しないのも自由です。もし欠席を理由として卒業出来ないとか不利益を得るような事があって、初めて思想信条の自由を犯すものとなると思われます。
個人的な意見ですが、思想信条をどう持とうとも勝手ですが、社会生活に置いてその思想信条に不愉快な思いを持っている人達と軋轢が生じるのはしょうがないでしょう。その軋轢と折り合いを付けながら生活すると言うのが、現実の社会生活なのですから。