IIS6 FTPサーバについての質問です。

FTPは、制御用の通信と、データ通信の2種類のポートを使用します。上記の800番というのはおそらくIISで設定したポートだと思いますので、制御用の通信用ポートとなります。データ通信用のポートは、FTPを通常のモードかパッシブモードかのどちらかを使用するかによって変わりますが（詳細は割愛します）、パッシブモードの場合は、IIS側で使用するポート番号をランダムで使用することになります。

今回の問題は、おそらくネットワーク上にFW等があるのではないでしょうか？その場合は（パッシブモードを使用している場合に限定しますが）、上記の説明の通りに、IISが動的に割り当てるポートをFWでオープンする必要があります。

IISが動的に割り当てるポートは、1024から65535の範囲でランダムに割り当てられますが、PassivePortRangeキーを変更することにより変更できます。下記の方法を参照して試してみてください。

● ADSUTILスクリプトを使う方法 (5500から5700を使用する場合)

C:\Inetpub\AdminScripts> CScript.exe adsutil.vbs set /MSFTPSVC/PassivePortRange "5500-5700"

参考URL

http://support.microsoft.com/?id=555022

ftp のポートの管理に問題があるためだと思います。

同様の問題が下記にありましたので、同じような原因でないか確認されてはどうでしょうか。

21 番ポート以外で（例えば 12345 ）で立てている IIS

下記の情報も参考になると思います。

FTPの標準ポート番号を変更する

IIS の FTP (File Transfer Protocol) サービスに関する情報