オークションで9.2.1or2のブータブルCDを買うという手段があることはわかっていますが、それなりの値付けがされているようだし、売り手側のやっていることによってはライセンス違反になるので、できれば手持ちのものだけで何とかしたいのです。
以下、正確な現状の情報です。
PowerMac G4/400(AGP) + encore ST/1.2G + Radeon 9000 for Mac
現在、Mac OS X 10.3.9で使用中
手持ちのCD：
PowerMacG4 Software Install（本体付属-9.0.4）
PowerMacG4 Software Restore （本体付属-9.0.4）
Mac OS 9.1（ブータブルCD）
Mac OS 9.2.1 Update CD（ブート不可）
Mac OS X 10.3
No.1
695
28
27pt
一度encore ST/1.2Gを外してMacOS9.1or9.0.0をセットアップしてみてはいかがですか？その後に今回9.2.1を動かすようにした手順を踏んでいけば良いのではないでしょうか？
No.2
343150
いいえ。クラッシュしたHDDはハード的にもう認識されていない（システムプロファイラでも見えない）状況です。また、9.1のCDでブートすることもできません（画面がグレーのまま反応がありません）。
他のHDDに、ブートできていた頃の9.2.2のシステムフォルダのバックアップは残っています。それからToast 6 Titaniumは所有しています。
No.3
69528
26pt
そのブートできていたころのOSのバックアップが入っている他のHDDが外付けHDDで、SCSIやFirewireのものなら起動ディスクとして利用できるはずです。
上記の条件が満たされているならば
１．内蔵のHDDを交換する。
２．外付けHDDで起動する。
３．その外付けのOSを内蔵HDDにコピーする。
４．外付けHDDを外し、内蔵HDDから起動する。
の手順で起動はするようになると思います。
外付けHDDでないならば、FireWireの外付けHDDケースで起動可能のものを探してみたらよいと思います。
なんかここを見るとiPodからもOS起動するのですね・・・。
iPodでOS起動ができるというのは、とても参考になります。やってみます。
ちなみにOSバックアップがあるHDDは内蔵です。また、そのバックアップのシステムフォルダをHDDのルートにおいても、Classic環境の起動選択の対象とも認識されないし、起動ディスクの選択対象にも現れません。
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早速の回答ありがとうございます。
ご回答の通りでも実現できることはわかっているのですが、CPUカードの交換がかなり怖い作業（基板を破損しそう）なことなので、最後の手段だと思っています。今後、再び今回のような事態が発生した場合のことを考えても、他の方法があればうれしいと考えているわけです。