元々、PPMにはPlaggerがない(少なくともActiveStateのリポジトリにはない)のでGUIになったならないは関係なくPPMでインストールすることができません。
Plaggerは他のモジュールにも結構依存(Plaggerが要求する他のモジュールが数十個あります)するので、PPMのパッケージを作るとなるとその依存するモジュールのパッケージも用意する必要があるためPPMパッケージがないのかもしれません。
というわけで、地道にCPANからダウンロードしてソースからインストールを行うしかないです。
http://d.hatena.ne.jp/charsbar/20060918/1158513127
上のリンクを参考に、PPMのリポジトリを追加してから検索してやればPlaggerがあると思います。私の環境はCUIのPPMしかないので確認はできませんが。
Edit -> Preferences -> Repositories タブ
を開き、以下のサイトで紹介されているリポジトリを追加してください。
そのほかの注意点についてはコマンドライン版と同じだと思います。
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