保存文字コードは
1 自動認識が判別した文字コード
2 編集→環境設定 から設定される初期エンコーディング
で決まります。
ファイルの種類によっては文字コードの自動認識が正常に動作しないことがあるようです。
EUCでかかれたphpファイルの場合
以下のようなコメントを埋め込んでおくと正常に認識するようです。
一種のバグみたいな物ですが…。
<?php
// <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=euc-jp">
?>
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