2.5 インチの（大容量）HDD を購入して、「Acronis True Image 9.0」バックアップソフトで現在の環境のクローン（HDD）を作成し、とありますが、

Acronis True Image 9.0で復元時にパーティション取れますよ。

現在の２つのパーティションを復元時に１つにしたい場合は、

まず１つのパーティションを新しいHDDにパーティション無しで復元して、

もう１つのパーティションをAcronis True Image 9.0でマウントして、データを新しいHDDにコピーすれば良い。

心配なら余ってるHDDがあれば試してみればどうですか。

http://q.hatena.ne.jp/1164377365

ダミー

何が聞きたいのか良くわかりませんが、Acronis True Image 9.0ではパーティションのコピーやHDDのコピーなどが出来ます。

また、HDDにパーティションイメージを保存しておき、復元するようなことも出来ます。

http://www.proton.co.jp/products/acronis-trueimage-9/

新しいHDDにパーティションをコピーすることも可能ですが、ブート領域の場合は、fixmbrなどが必要になると思います。

リカバリ領域のコピーも出来ましたが、Thinkpadの場合、リカバリを領域を有効にするためには、起動FDにてMBRの修正が必要でした。

パーティションもまとめてイメージとしてバックアップできるソフト

CD-Linuxから

http://www.thinkpad-lover.org/knoppix/PartImage.htm

Win用 15000円

http://itpro.nikkeibp.co.jp/free/NT/NEWS/20020424/2/

クローンHDはつくれません。イメージとして全部まるごとです。

追加

こっちはパーティションもふくめてクローンHDを作成できるようですね。

8000円

http://itpro.nikkeibp.co.jp/free/NT/NEWS/20020424/2/

追加の方、リンクまちがいでした。

http://plusd.itmedia.co.jp/pcuser/articles/0606/12/news027.html