ＦＬＡＳＨをホームページに貼付けると「このコントロールをアクティブ化して使用するにはクリックしてください」という表示がされます。

http://www.adobe.com/jp/devnet/activecontent/articles/devletter....

上記ページに原因と問題を解決するサンプルがあります。

http://internet.watch.impress.co.jp/cda/special/2006/04/07/11553...

製作者の対応待ちか、IE以外のブラウザの使用でしょうか。

JavaScriptで書けばでませんよ。

ただし、ユーザーがJavaScriptをオフにしていたら、表示されなくなりますが。。。

JavaScriptの中身は、

document.write('<embed src="/flash.swf" loop="true" quality="high" bgcolor="#ffffff" width="800" height="400" name="flash" align="" type="application/x-shockwave-flash" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"></embed>');

という感じです。