こんにちは。
こういった類はワード文章に変換する前に処理したほうが良いと
思います。
私の使っているOCRソフトはOCR処理をした直後(WORD文章変換前)にtengenさんの仰っているようなボックスをはずすことができます。つまりOCR処理した結果をWORD文章に変換する前に編集ができるのです。
tengenさんのお使いのOCRアプリは編集できませんか?
私の使っているソフトと違うので、断言はできませんが
下のURLを見る限り読取革命でも編集が出来そうですね。
http://panasonic.co.jp/pss/pstc/products/yomikaku/feature_3_2.ht...
読取革命の体験版を使っているのですが、よくわかりません。