特別徴収義務者ですが、退職所得の源泉徴収・特別徴収について。平成18年12月31日に退職した者に平成19年1月に退職金を支給した場合は改正前の税率ですか？区役所によって回答がまちまちなんで混乱してます。改正した税率で支払ってしまっているのですが、どうしたらいいでしょう？

個人的には興味深い論点なので少し調べてみました。
５ページから６ページに掛けてです。退職者が引越して住所が変更となった場合、今年の支払であっても去年の１月１日現在の市町村に納付することになっています。しかもカッコ書きで「退職者の退職手当等の支払いを受けるべき日」を「退職した日」として補足されています。
http://www.city.higashiyamato.lg.jp/resources/content/115/20061005-134813.pdf
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退職手当等が退職した日の属する年の翌年以後に支払われた場合は，
現実に支払われた年の１月１日現在における退職者の住所が所在する
市町村ではなく，退職者の退職手当等の支払いを受けるべき日（通常
は退職した日）の属する年の１月１日現在における住所が所在する市
町村です。
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http://www.nta.go.jp/category/tutatu/kihon/syotok/05/01.htm#02
所得税基本通達からです。
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（退職所得の収入金額の収入すべき時期）

36－10　退職所得の収入金額の収入すべき時期は、その支給の基因となった退職の日によるものとする。
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去年の１２月末に退職した場合の退職所得は２００６年の収入になるとされています。その一方で給与所得との対比では支給日になっています。そうしますと退職所得と給与所得は課税時期が違うことになります。
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（給与所得の収入金額の収入すべき時期）

36－9　給与所得の収入金額の収入すべき時期は、それぞれ次に掲げる日によるものとする。（昭63直法６－１、直所３－１改正）

(1)　契約又は慣習により支給日が定められている給与等についてはその支給日、その日が定められていないものについてはその支給を受けた日
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http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1322252
この件に関して、こちらのNO．2さんの意見はとても参考になると思います。実務的には区の税務担当者さんとご相談されて対処された方が宜しいかと思います。

詳細なコメントありがとうございます。とても参考になりました。