都合上、XHTML宣言をしなければならなくなったのですが、構文がXHTML形式ではないため、パースエラーが出てしまいます。

「XHTML宣言」って「XML宣言」のことでしょうか?

いずれにせよ、パースエラーでもエラーと出力しない処理系で処理するぐらいしか方法はないでしょう。ただ、《都合上、XHTML宣言をしなければならなくなった》とのことですが、その理由次第では処理系を変更するという方法では解決しないとは思いますけれども。

なお、お勧めの対処法はパースエラーを出さないように修正することです。

http://q.hatena.ne.jp/1174472482

もしプログラムで出力されているなら、PerlならHTML::Tidyというようなモジュールとか使われてはどうでしょうか。

不完全なHTML文書を入力しても、XHTMLとかHTMLとか、出力したい仕様にあわせてHTMLを整形してくれます。

私自身、携帯のサイトを作るのに、新機種だとXHTMLでないと綺麗に出ないのに、旧機種だとHTMLでないと出ないとかあって、テンプレートをたくさん用意するのも馬鹿馬鹿しいのでこいつを使おうかとか考えています(まだ検討段階ですが)。

もしPerl以外でも、Tidyという元ライブラリ自体はCライブラリなので、他の言語でもWrapperはあると思います。

http://search.cpan.org/dist/HTML-Tidy/lib/HTML/Tidy.pm