パソコンの電源を入れると、windows rootが壊れているため起動できませんというようなものが出てきて、windows rootをインストールしなおしてくださいと出ます。どの様に対応すれば直るでしょうか？

http://support.microsoft.com/kb/320252/JA/

を参考にしてみては？

http://www.itmedia.co.jp/help/tips/windows/w0639.html

修復で治るとおもいます。

メモリなどのハード的な故障の場合は無理です。

上記のURLの方法で治ったらバックアップをとって

OSを再度インストールしなおしたほうがいいとおもいます

Windowsのバージョンや詳しいエラーメッセージが分からないので、推測になってしまいますが、以下の症状ではないでしょうか。リンク先の説明が役に立つと思われます。

PC 起動時、起動選択メニューから Windows 2000 や Windows XP を選択すると、次のようなエラーメッセージが表示されることがあります。

これは実際に ntoskrnl.exe や hal.dll が破損している場合よりも、boot.ini の記述が実際の情報と食い違っている場合に発生するため、「Boot.ini の内容 (ARC名) について教えてください」を参照して、boot.ini ファイルの記述を見直してください。

http://homepage2.nifty.com/winfaq/w2k/boot.html#1208