JRの○駅から○駅まで行きたい場合で

ここはどうでしょうか？

http://transfer.www.infoseek.co.jp/?module=Train&action=Rout...

特急などを使わない検索できます。

あ、すみません。実際にやってみたら新幹線になっちゃいました。

http://www.ekikara.jp/top.htm

こちらの左側にある『乗り換え案内』を利用するといいと思いますよ。

http://www.ekikara.jp/cgi-bin/route.cgi

オプションで『乗車制限』のチェックを全て外せば、普通列車や快速列車のみの、いわゆる「乗車券のみで利用できる列車」だけで検索することが出来ます。

えきから時刻表

http://www.ekikara.jp/top.htm

「えきから時刻表」のサイトの「乗り換え案内」を使って、

乗車制限　のところのレを、全部解除すれば、

各駅停車や、快速などだけが表示されます。

例　東京駅から大阪駅

http://www.ekikara.jp/cgi-bin/route.cgi?incode=13101011&inte...

JRおでかけネットはJR西日本が運営しているサイトです。

対応情報はこちらをご覧ください。

http://www.jr-odekake.net/mydia/info/about.html

JR西日本管轄の駅であれば、快速なども出てきます。

例：京都～草津など。

JR東日本は「えきねっと」を利用して検索すれば出てきます

http://www.jnavi.eki-net.com/cgi-bin/jreast/jreast.cgi