年金手帳の経歴欄は、個人のメモ欄と考えてください。A社の分が記載されているのは、たまたまA社の担当者が親切心で書いてくれただけだと思います。
年金手帳を会社に提出するのは、社会保険事務所が基礎年金番号を確認するためであって、加入期間を手帳に記載するためではありません。
私も仕事で何人もの人の年金手帳を見てきましたが、経歴が完全に記載されているものは見たことがありません。たいていの人が空欄のままです。
ご自分の年金加入期間を覚えておくために、詳細に書いておくと役に立つこともあるかと思いますので、B社の記載がないのが気になるようでしたら、ご自分で書いておかれるといいと思います。
↓こちらも参考になるかと思います。
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1383292
年金手帳の中で厚生年金、国民年金の記録などの詳しい経歴欄はメモページと考えていいようですよ。この欄は個人情報が満載の為、記入の義務はないそうです。役所などで勝手に記入されそうになっても「書かないで下さい」と伝えれば、未記入のまま返してくれるとのこと。
参考になりました。ありがとうございました。