windows環境でunixを触りたいのでSFUかcygwinを使いたいと思っているのですが，cygwinではkornシェル設定できますか？

SFUはかなり陳腐化している印象があります。ビルドに必要なGNUツールを一通りそろえて移植環境を整えるのも、自前でやろうとすると一苦労ですのでIntrix社からSFUサブシステムを購入するのが手っ取り早いことになります。

SFUのkshはバグがあるようで、ダウンロードしてきたアプリをビルドするときにはスクリプトに若干の修正が必要となる場合があるようです。

kshとbashはbourne shell系ですので、構文などはよく似ています。
kshの/etc/environ,~/.envをbashに読み込ませたりksh風の関数を用意するのも（参考書などに紹介されているので）比較的容易ではないでしょうか。