自分ではやったことは無いのですが、以下のINSTALL記事が参考になると思います。
Apache FOP
FOPには日本語フォント指定の際に、不具合があるみたいですね。
CentOS/Fedoraなどの日本語対応ディストロには日本語フォントはすでに入っているはずですので、FOPの設定にそれを指定してあげればいいと思います。
がんばってみてください。
fopの日本語環境を準備する
http://homepage2.nifty.com/tomneko/firebird/firebird_docs-ja.htm...
windows 環境では日本語フォントが利用しやすいのですが、CentOS や、Fedora では簡単に扱えるのでしょうか?