209系は0番台は廃車になりますが、500番台、つまりE231系の形をした209系は、京葉線の201系を置き換えます。
E331系は現在車両部品の一部に改良を行っているそうで、廃車になるのではないそうです。
廃車になるかはまだ決定していません。
交通新聞の報道にもありましたが、209系の転属は201系の置き換えで確実ですが500番台(拡幅車)の5編成のみです。
http://ja.wikipedia.org/wiki/JR%E6%9D%B1%E6%97%A5%E6%9C%AC209%E7...
http://www5.airnet.ne.jp/kokuden/souken.html
http://www5.airnet.ne.jp/kokuden/soukensp2007.html
E331の廃車については不明ですが、現在京葉線最古参の201系の置き換え用として、京浜東北線の209系転属の話はあります。
ただし転属する予定の車両は、中央・総武緩行線からE231系追加導入で捻出した、209系500番代の拡幅車の予定です。
現在京浜東北線に総武線から転出した209系の車両そのものは、209系試作車がATC交換未対応でそのまま廃車する予定である為の不足分を補う為の転属車両です。
保守統一の為、走行機器が在来と同じ209系の転属です。
この転属してきた209系自体は、拡幅車である上に98年~00年製造の新しい物であり、209系初期車両と比べると外版が頑丈に作られている状態が良い物であるので、今後E233系導入の後もまだまだ使える車両です。
10両固定編成なので、そのまま使える京葉線は導入候補に上がります。
なお、京浜東北線をE233系で統一するのは、保守の統一の為です。
京浜東北線の原型209系自体、1996年製造のものから、外板の厚さを増したマイナーチェンジが行われているので、それら新しい時期の原型209系を組替えて6ドア抜きモーター車編成に6両化して、京葉線で原型209系を使う事は若干の可能性として考えられます。
現在のE331系の配置自体は、通常運用車両や予備車両などと別扱いの配置となると思うので、上記と別の動きで残存・廃車になる可能性はあります。
京葉線のことが知りたいのではなく、京葉線の車両がどうなるかです。