私も同じ現象に見舞われました。結局私の場合は、PodTubeの使用をやめて替わりにGetter1というツールを利用することにしました。Getter1のほうが高機能で便利です。
http://hccweb1.bai.ne.jp/ili/getter1.html
こちらではYouTubeの動画ダウンロード方法が丁寧に説明されています。
http://hccweb1.bai.ne.jp/ili/youtubedownload.html
これでダウンロードしたファイルはフラッシュ用動画であるflv形式なので以下のiSqurtを使って、mp4に変換してiTunesのライブラリに追加してiPodなどで見ることができるようになります。
ありがとうございます。
できました!