随意契約が禁止されている状態で、特定の業者が保有している特許を必要としている場合、一般競争入札の際の仕様書はどのように記述したらよいのでしょうか？

当方も同様の状況で、仕様書を策定しました。

漠然とした回答で申し訳ないですが、

◆まず、特許の内容を調べ、同業他社との違いを明確にします。

　もちろん、特許がでたので、何らかの違いがあるはずで、そこをこちらが理解しておかなくてはいけません。あとから、検査や監査があった場合、必ず付かれます。（当方も付かれました）

　そして、その違いを仕様書内に明確に書き込むことが必要です。たとえば、素材の厚さが2mm以下になることで特許をとっている技術であれば、「2mm以下にならなければならない」など数値を挙げたほうがよいでしょう。数値だと比較しやすいので。

◆次に、その特許の内容が、購入する物品なり工事なりに、「必ず必要であること」を明らかにします。

　上記の例であれば「2mmを越えると、購入する物品と既存のシステムが合致しない」「○○計算書より、2mmをこえると、建物として成立しない」など、その特許がないと、その発注そのものがなりたたない、という理由を明確に書き込むことが必要です。

　要は、A社が特許をとっているとして、検査や監査で、「その物品や工事なら2.1mmでもいいじゃん。それなら、B社でもC社でもよくって、競争で値がさがるんじゃないの～？」と言わせないことが肝要です。（ここも同じく付かれました）

◆また、同業他社の情報はお互いよく入るらしく、そして、官報などで告知されるような大がかりな公共的な入札だった場合、検査、監査の他に、同業他社からのクレーム、たれ込みもあるようです。たとえば、「あの物品の場合、2.1mmでも問題ないのに、2mm以下という制限があったため、応札できなかった。それはA社と癒着しているからではないか…」と、持ってこられたら面倒です。いや、もっと面倒なのは、マスコミなどにその情報を持って行かれることです。

　そのためにも、上記２点をしっかり押さえてください。

恐らく建築関係の施工特許に関することだと思いますが、監査性の面からはその特許の使用が客観的に見て合理的であるとみなされる必要があります。他の工法で同等性能を安価にできるのであれば合理的とみなされないでしょう。ですので何故その施工特許が必須な案件であるかの論理を明確にしておくことが先決です。

http://www.kajima.co.jp/news/digest/sep_2002/tokushu/toku01.htm

さらに土木工事などの公共事業では，公平な審査基準による入札が基本となるため，標準的な施工方法を前提とした価格面のみでの競争となることが少なくない。一社独自の新技術が，場合によっては活かせないことになる。

施工特許を持つ業者を下請けにして入札に参入する業者も当然あるでしょうから、その場合の条件もあらかじめ明確にしておく必要があるでしょう。

http://www.pref.iwate.jp/~hp0103/nyusatu/kouji_seido/sitauke/top...

１ 　特許工法を用いる等下請契約を締結する相手方を、同一工事の入札参加者とする合理的理由がある場合　工事所管課に必要とする理由を具体的に記載した承諾願を提出し、承諾を得てから下請契約を締結してください。（承諾願様式は、入札参加者下請負承諾願（様式第１号）をダウンロードして使用して下さい。）

随意契約は、国、地方公共団体などとの契約の際に、結ぶ契約ですので、それが禁止されていても、競争入札や、業者との契約に影響はありません。

１．随意契約が禁止されている。

相手が、業者であるので関係ない。

相手が、国、地方公共団体などであっても、競争入札には影響が無い。（もっともよい条件を示せば落札できる。）

２．特定の業者が保有する特許を施工したい。

業者との特許使用許諾に関する契約を結べば問題ない。

３．法に違反せず、監査にも引っかからない。

今回のお話の範囲では、法律違反や、監査で問題になると思われる点はありません。