サーバにあるファイル（HTML、WORD、EXCEL、PDF）全ての、リンクを全て調べて、どこからもリンクが貼られていないファイル（もういらないはずのファイル）を自動的にリストアップするツールはありませんか。

HTMLに限定と言うとHTMLファイル限定のような印象を受けますが、CGIなどを使っていてもハイパーリンクと言う形式になっていれば問題なく解析できるんじゃないかなと思います。多少ややこしくなりそうな気はしますけどね。

被リンクのないファイルを解析するためには全てのファイルを取得し、さらにトップなどからリンク解析を行ってサイト全体の構造を把握しないといけないからもしローカルからやるとなるとちょっと面倒ですね。そういうプログラムあるのかな？調べてもよく分からなかったんだが・・・。

サーバーサイドプログラムを使えばどうにかなりますが、これを裏返せばCGIなどの使えるサーバーが必要と言う事に。

http://www.goigoipro.com/linkchecker/manual5.html

ローカルから行う場合は被リンクのあるファイルを解析し、それをファイル一覧と比較して手動で差分を検出することになるような気がします。

http://www.umechando.com/webex/

もうすこしわかるようにかいてくださいな。