※ここ数回、回答登録メールの確認が漏れていました。今回はそのようなミスは内容にしますので、皆様、回答をお願いいたします。
おそらくは、仮にJR東日本に頼んでも顧客の個人情報として提供を拒否されるのではないかと思います。
そもそも経路情報(東京から新宿まで山手で行ったか中央線で行ったか)は取得不可能です(東京近郊は乗降駅で金額判定して経路は問わないルール。大阪近郊も同じ。)。
乗降駅情報だけであればパソリで読めるでしょう。
http://www.jeis.co.jp/solution/index.html
http://www.jreast.co.jp/kippu/1103.html
ちょっとはずれかもしれませんが、JRの駅間運賃ならばMSDOSの時代から個人でプログラムされている方がいらっしゃいますので、アルゴリズムなど聞いてみるというのは手かもしれません。
履歴情報はlibpasoriなどでとれるというのは試したことがありますが、鉄道会社などに頼らずにその数値を駅名などに変換するには、
http://www014.upp.so-net.ne.jp/SFCardFan/
でやっているように人海戦術で調べてデータベースを作るしかなさそうです。
説明不足で申し訳ありません。乗降駅の情報を表示するアプリケーションを開発したいと考えています。リーダーに複数の種類があることは把握できましたし、独自のアプリケーションを作って、データを保存することも簡単にできそうです。問題は、鉄道会社などが保存しているデータにアクセスする方法を知りたいと思います。たぶん、鉄道会社と契約しないとアクセスできないんでしょうか。