PDFで取る理由は、後から文字をコピペするときに便利だからです。
Adobe Acrobatの設定が悪いからか、うまく取れないことがあります。
例えばページの体裁が崩れる。画像でリンクしている場合、アオ枠が出ちゃうなどといった感じです。
うまく取れる方法があれば教えていただけないでしょうか？
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http://capture.heartrails.com/
例えばこちらのサービスをご利用されては如何でしょうか。
URLを指定するだけでWebページを簡単にPDFに変換する事が可能です。
このソフトは知らなかったですが、大量に取るには非効率ですね。
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ちなみにmht形式での保存でも難しいということでしょうか？
(ファイル保存の際に選択できる)
私はWebページの保存には紙というソフトを利用しています。
http://www.kamilabo.jp/copilite/
大量に保持したいということでしたので、
紙と同じ発想でWeb全体を保持する方法はいかがでしょうか？
http://q.hatena.ne.jp/1131972347
上記手段であれば、文字情報も保持しているので、grepも可能ですし、
整理も行いやすいと思うので、わざわざPDF変換しないでいいので、レイアウトを気にする必要がないと思っております。
ちなみに回しものではありませんが、Bookmarkerさんが紹介したクセロPDFにはもうひとつ特徴があって、最近のバージョンではOCRが入っているので、画像の内容がPDF作成する際に文字として認識できる様になっているので便利です。
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印刷機能だとそもそもWebページの形と違うCSSが適用されることがあるのでイマイチです。
A4プリントという観点からするとWebページの中では適していないものがあるのも分かりますが、できるだけ調整してくれるのが望ましいと思っています。
その点、Acrobatの方が紹介していただいたソフトより優れています。