フリーソフトで、ソースコードを静的解析してフローチャートやモジュール構造図などのドキュメントを自動生成するようなツールはありますでしょうか？

Doxygen

Doxygen というソフトを使った事があります。

フローチャートは出ませんが、JavaDoc 風のドキュメントを HTML 形式で出力できます。

フローチャートならVisustinがお勧めですが、いわゆるフリーソフトでは無いので質問条件に合いませんね。

Visustin

モジュール構造図ならPHPDocumentorでドキュメントを自動生成できます。

PHPDocumentor

変換する言語はCでよいのでしょうか?

PAD図への変換でしたらpad2psでできます。

http://www.aerith.net/project/pad2ps-j.html

> 現在のバージョンでは、C, C++, Bourne shell, C shell, Java, AWK のプログラムに対応しています。

とのことです。