MT4のソースコードを見て勉強しているのですが、メインスクリプトのmt.cgiに下記のような記述があります。

use strict;

Perl は標準だと未定義の変数でもそのまま使えたりしてある程度以上の規模の開発には向かない。

この宣言をすることでコーディングミスなどの基本的なレベルのバグを軽減できる。

strict - 安全ではないコンストラクトを制限する Perl プラグマ

use lib $ENV{MT_HOME} ? "$ENV{MT_HOME}/lib" : 'lib';

use lib 自体がライブラリの検索パスを追加する構文。

環境変数 MT_HOME が定義されていればそちらの下の lib ディレクトリを、

定義されていなければカレントディレクトリの下の lib ディレクトリをライブラリの検索パスに追加する。

use MT::Bootstrap App => 'MT::App::CMS';

これは MT 自体のアプリケーションの挙動を制御していると思われる。

まず、MT::Bootstrap パッケージを読み込み、その import メソッドの引数として、App => 'MT::App::CMS' と言う配列を渡している。

それによってどうなるかは MT 自体の中身の話なので勉強してください。