自宅サーバー（Linux）で稼働していたマシンのマザーボードが逝ってしまい、

グラフィックボードはお使いでしょうか？
また、メモリは4枚ともお使い（必要）ですか？

グラフィックボードはマザーに据付のオンボードのもの、メモリは1Gを2枚載せています
メモリのスロットはできれば4枚載せられる状態がベストです

了解です。
では
フォームファクタはMicroATX
CPUソケットはSocket478
メモリはDDRで（できれば）4枚以上
が条件ですね。
http://kakaku.com/specsearch/0540/
その外にPCIスロットの数（MicroATXだと3つだと思いますがたまに2つのマザーボードもあり）に指定はありますか？
とりあえず上記の条件で探してみます。

ちなみに、メモリがDDR2枚でよければ先日うちで換装して余ったばかりのMSI 865GM-Lがあるのでいつでも差し上げるのですが、それは最終手段としましょう(^^;
http://www.msi-computer.co.jp/product/mb/?p=865GM-L

↑あ、そうはいっても私もkakaku.comやconeco.netあたりから手始めに探すことくらいしか思いつかないので、他の閲覧者の方も探して差し上げてくださると助かります。なかなか見つからないかもしれないので…。

hokuraku さん、ありがとうございます。

PCIスロットの数は 3つでも 2つでも特にこだわりはありません。

以下まで調べつつ書いたのですが、最後で比較コムの情報が古くてショップを捕まえられませんでした。すいません。
メモリの相性など不確定要素はありますが、以下の6つの製品であれば動く（はず）です。
はてな記法などが読みづらいと思いますので、後で同じ内容を私のダイアリに転記してトラックバックしておきます。
誰か、後の捜索を頼みます…。

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kakaku.comで
http://kakaku.com/specsearch/0540/
から
-フォームファクタMicroATX
-CPUソケットSocket478
-メモリDDRx4
-シリアルATA
で検索された6つの製品
+[http://kakaku.com/item/05403511341/:title=ECS　865G-M Deluxe V5.0]
+[http://kakaku.com/item/05406811526/:title=SAPPHIRE　AXION A45]
+[http://kakaku.com/item/05405011546/:title=GIGABYTE　GA-8TRS350MT]
+[http://kakaku.com/item/05401511538/:title=AOPEN　MX4SGI-4DL2]
+[http://kakaku.com/item/05401511644/:title=AOPEN　MX4SGI-4DN2]
+[http://kakaku.com/item/05401511579/:title=AOPEN　MX4SGVI-4DN2]
について探してみました。


まず、各価格比較サイトからの検索結果です。
||*1|*2|*3|*4|*5|*6|
|[http://kakaku.com/:title=価格コム]|x|x|x|x|x|x|
|[http://www.coneco.net/:title=coneco.net]|x|x|x|x|x|x|
|[http://www.bestgate.net/:title=ベストゲート]|x|x|x|x|x|x|
|[http://www.hikaku.com/:title=比較コム]|x|x|x|[http://www.hikaku.com/shopping/index.html?mode=product_detail&module=detail&action=Product&product_id=358780:title=o]|x|x|
というわけで、唯一見つかった製品http://www.hikaku.com/shopping/index.html?mode=product_detail&module=detail&action=Product&product_id=358780:title=AOpen MX4SGI-4DL2]について換装可能か確認してみたいと思います。
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ご回答いただいた皆様へ

詳細はトラックバックした先の私のブログに書いてありますが

GA-8IG1000MK

を購入して、試してみる事にしました。

ご親切にありがとうございました。