自分で書いたプログラムをMITライセンスもしくはBSDライセンスで公開したとします。

前提として，そのプログラムは完全にakio0911さんの著作物（他人のコードは一切入っていない）とします．また，会社はその旨について承知しているとします．

でしたら，全くakio0911さんのお好きな形（かつ会社が受け入れ可能な形）で著作権表示，許諾表示をしてかまいません．公開時のライセンスがMITだろうがBSDだろうが，はたまたGPLであったとしても，会社向けのライセンスは全く独立に設定できます．利用許諾は許諾者（ライセンサ）と被許諾者（ライセンシ）との間の契約行為ですので，著作権者であるakio0911さんは，誰に対しても（違法でない限り）好きな条件で利用許諾を与えることができます．

ただ，MITやBSDなどのフリーウェアのライセンスでプログラムを一般公開する場合，会社がそのライセンスの許諾条件の下でプログラムを使うことは止められないことに留意する必要があります．

たとえば，プログラムをMITライセンスで公開したとします．また，会社に対してそのプログラムを「年間使用料100万円」でライセンスしようとしたとします．

このとき，MITライセンスには「会社はこのライセンスを使ってはいけない」なんて制限条項は当然書かれていないので，会社はプログラムを使うにあたり「年間百万円」ライセンスではなく，MITライセンスを選ぶこともできます．

と，会社とakio0911さんの間で思惑が一致していない場合にはややこしいこともでてきますが，思惑が一致しているなら，お互いが合意できる好きな形で著作権表示なり利用許諾なりをすれば良いと思います．

質問とは直接関係ありませんが，以下のURLにある文書は，IPAがGPLなどオープンソースのライセンスを調査し，解釈・利用のガイドラインをとりまとめています．オープンソースでライセンスしたものを会社でも使う，というお話でしたら，ここらへんの解釈論をご一読されてみると参考になることもあると思います．

http://www.meti.go.jp/kohosys/press/0004397/

以上，ご参考になれば．