.NET で、.zip の自己実行型のようなファイルを作る方法を知りたいのですが

どこで聞いたかは忘れましたが、こんな感じだったと思います。

1. 実行プログラムを作る。
2. 正確な実行プログラム本体のサイズを記録しておく。
3. 実行プログラムを実行するとき、まず、実行ファイルのサイズをチェックする。
4. 実行プログラムのサイズが本体と同じときはデータなしと判断する。
5. 実行プログラムのサイズが本体より大きいとき、データが添付されていると判断し、本体サイズより先のデータをどこかに展開してプログラムにロードする。
6. データが添付された実行ファイルを作るときには、本体プログラムのあとにデータを書き込む。

http://dummy.hatena.ne.jp

英語版のライブラリですが、Xceed Zip for .NET with Self-Extractionがあります。￥85,050とお高いですが・・・

ZIP圧縮だけであれば、.NET用のライブラリは無料のものも含めたくさんありますが、自己解凍対応となるとほとんどありません。

参考：圧縮ファイル（自動解凍）作成ソフト - Insider.NETの一番下

またWin32用のライブラリとしてはZIP32J.DLLがありますので、P/Invokeで呼び出すことは可能です。こちらは無料ですが、.NET用の呼び出し定義などは自作する必要があります。

こちらが参考になるかもしれません。

ZIP32J.DLL API宣言Form for VB.net