イラストレーター9.0でＰＤＦファイルを開くと、文字化けして出てきてしまいます。

9.0は持っていないのでわかりませんが、PDFファイルを開くのではなく、

新規書類上に配置してみてはどうでしょうか？

フォントが文字化けする場合、質問者さんのPCにないフォントで保存されている可能性が大ではないでしょうか？

データをもらったところと連絡はつきますか？

（量が膨大な場合、連絡とって聞いちゃったほうが早いかも？？？？）

PDFデータの元ファイルはどのような形で作られたものでしょうか？

①windows　or　mac　？

②PDFデータを作ったのはどんなソフト　イラストレーター？フォトショップ？（バージョンはいくつ？）

　イラストレータやフォトショップならば、epsデータ保存しなおしてもらうとよいかも？

③開こうとしているPDFデータの拡張子は何？　（.ps .pdf .espなど）

　（PDFデータだから、.pdfですかね、、、）

④相手の作成したPDFデータのフォントは何？

特に　win→macはそうなることが多いと思います。

フォントを指定しなおしたり、上記①～④を確認すると何がひっかかているのか見えてくるかと。

私もPDFデータを強引にイラストレータ9.0（win）で開いたときに文字化け、オブジェクトが切れたりといろいろエラーがでますが、

元データの詳細が確認できれば保存方法を直してもらったりします。

文字化け関係の苦労は、、、、mac→winだとかなりあります。とくにCS以前のバージョンは。

＞②会計専門のTKCソフトです。マックでないことは確かです。

上記ソフトは扱ったことがありませんので詳細はわかりませんが、フォントを機種依存でないものにしていただくことはできませんか？

「MSゴシック」「MSPゴシック」など。

イラストレーターで開きたいとのことですが、開いた後に編集したいからイラストレーターで開きたいのでしょうか？

編集したいのでなければアウトライン化してもらえば文字化けしません。

ただし、文字が画像と同じ扱いになるので、編集は難しくなります。

＞④わかりません。が、イラストレーターで開く際に「所在不明の和文フォントは、初期設定フォントで代用します」といった、注意が出てきます。

上記注意だけ見るとフォント形式の問題だと思います。

クライアントにフォントの確認をするのがベストです。