mysql(innodbもしくはmyisam)でログデータ(最大1000件/秒)を処理したいのですが、load dataやbulkinsertなどを使っても１秒間に100件程度が限界です。ログデータのような大量の時系列データを処理する目的にmysqlがあっていないんでしょうか。

どのような処理をされているのか分からないのですが、一般論として、RDBMSが威力を発揮するのは、互いに関連のある正規化された複数のデータ群に対して検索・参照が多いような処理です。

ログファイルのように、単一方向（時間軸）かつ正規化されていない生のデータ群に対しては、ファイルをそのまま処理した方が効率が良いはずです。

また、単なる集計処理だけでない統計処理を目指すのであれば、SAPとまではいかないにしても、Rを使ってみてはいかがでしょうか。

合っていない。というかその目的には RDBMS を含む DBMS 全般が適していないと思う。

DBMS の基本はどちらかというと蓄積したデータの検索・集計、データの一貫性等に重きが置かれる。

それらの機能はログの蓄積時点では足かせにしかならない。

いったん text にログを落としておき、それをロードして集計に使うというのならわからなくも無い。

一応 MySQL 自体のパフォーマンスチューニングのほか、

INSERT DELAYED ...

構文もあるのでやろうと思えば出来なくも無いはずですが厳しいかな。

MySQL :: MySQL 4.1 リファレンスマニュアル :: 6.4.3.2 INSERT DELAYED 構文

＞(最大1000件/秒)

リアルタイムでは無理。

＞１秒間に100件程度

この程度は可能ということで、分散処理を導入するしかない。