CentOSのサーバーを管理しています。

結論だけいうなら、yum側のPHPを使い続けることをお勧めします。

CentOS の場合、基本的に Apache や PHP のバージョンはあがらないと思っておいた方が良いです。互換性のないバージョンアップによる不具合を避けるためにそのようなポリシーになっているから、というのが理由になります。PHP の場合、比較的バージョンアップでトラブルが発生することが多いように思います。

言い換えると、PHP-5.2 の新機能や性能改善のメリットが、今後 PHP がバージョンアップするたびに動作検証して configure / make / make install する手間を上回る、とお考えなら PHP-5.2 を入れてみるのもいいかもしれません。身内の実験用サーバとかだとそういう使い方もアリかな、という気がしますが、社内サービス用とか公式サイトの類とかでしたら無難な方を選ぶかな、というところでしょうか。

ちなみに CentOS の場合、最新の CentOS-5.1 だと PHP-5.1 系ですね。CentOS-6.0 が出るときには PHP-5.2 以降になっているかもしれませんが、これまでのリリースの感じからいうと半年以上先の話かな、という気がします。

インターネットに公開しているものについては、PHPも含め、最新バージョンが出たら make 対応することをお勧めします。

LAN内のクローズな環境で、第三者が使うこともないなら、yum のままで良いと思います。

つい最近似たような質問がありましたので、以下の質問の回答を見て考え直してみてください。

centos5を入れたサーバでWEBサーバを立ち上げています。 yumからapache2.2、php5などをいれてますのが、yumでインストールバージョンが少し古く(httpd-2.2.3-11) apacheの.. - 人力検索はてな

確認しますが、あなたは本当に困っていますか？

バグフィックスやセキュリティ対策などではなく機能的に新バージョンで使いたいものがあるが今のままだと使えないという状況なら考える余地がありますが、多分そうではないですよね。

CentOS のバージョンが書いてないが、基本的には RedHat Enterprise と同様のバージョンアップポリシーに

なるので基本的にディストリビューションに同梱されているパッケージのバージョンアップが行われることは無い。

セキュリティパッチ等はそのバージョンで問題ないかを確認したうえで必要ならバックポートを RedHat が行う。

それだけで使いにくいユーザーのために centosplus というリポジトリが用意されている。

これは標準では無効になっているが yum の設定で有効にすれば標準以外の最新バージョンのソフトウェア等が

使用できるようになる。

ただし、依存関係等で他のソフトウェアもバージョンアップされることが多いので注意。

そのほかにもサードパーティ製のリポジトリとして rpmforge が有名だ。

CentOS で構築する自宅サーバ : yum に RPMforge リポジトリを追加する

こちらはディストリビューションに含まれていないものが中心なので副作用が少ない。

自分の欲しいバージョンがどちらにあるかを確認して追加するとよいだろう。

ただし、どちらも RedHat が提供していないものなので CentOS の売りである RHEL と同等のサポートレベルは

期待しないこと。