はてなブックマークを管理するソフトはあるんでしょうか？

[A]というタグを全て[B]に変更する、という機能は、はてなブックマーク自体にありますよ。

http://b.hatena.ne.jp/ユーザID/ から、[A]というキーワードを選ぶと

http://b.hatena.ne.jp/ユーザID/A/

というページに移動しますが、ここで "ユーザID/A" という見出しのところに、鉛筆のアイコンがあると思います。

このアイコンを押すと、タグの置換、削除が出来るページに移動します。

・[A]というタグを全て[B]に変更するとか。

はてなの機能でできます

http://d.hatena.ne.jp/n9d/20080214/1202960912

・[A]というタグがついたブックマークに任意のタグを追加するとか

追加はその応用でできます。

変更後の欄に[]が前後に付くと考えて貰うとわかりやすいと思います。

A][B

を変更後に指定

間違えるとそのタグ以降がコメント扱いになり修復が困難になりますのでお気をつけください。

[A][B]とかにすると大変ですのでお間違えのないように

・[A]というタグがついたブックマークに任意のタグを追加するとか

こちらはわかりませんが、

・[A]というタグを全て[B]に変更するとか。

こちらでしたら特別なソフトが無くても変更できますよ。

1. ブックマーク右側のタグ一覧から変更したいタグをクリック
2. 「ブックマークタイトル/タグの名前（例：sirnightのブックマーク / アニメ）」となっている右側の鉛筆マークをクリック
3. そのページでタグの置換・削除が行えます。