もしPDFで無理ならばJPGでも同様の加工（右端から1000pxを超える部分をカット＆それを全ページに適応）ができるソフトがあれば使い方も含めて教えてください。
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単一ページモノのPDFで、且つ、WindowsXP等であれば、と仮定しますが、
IrfanViewに PostScriptファイル（EPS,PS）等を表示させるためのプラグイン
（AFPL Ghostscript Plugin）を追加してやるとPDFが表示できるようになります。
その後、IrfanView上で変換したいPDFファイルを一括変換に指定し、詳細設定で
切り抜きにチェックをして、原点位置とx,yの座標、目的の幅、高さなどの数値を指定してやれば、
PDFファイルでも一括生成が可能です。なお、Vistaに関しては興味が無いので知りません。
仮に複数ページもののPDFであれば、papy's softwarelibraryさんトコの
激しく便利なPDF関連ソフトで、ページ毎に分割するツールなどを利用した上で
上記のトリミングを行い、再度、ページ結合を行うツールで再合成すればいいと思います。
IrfanView
AFPL Ghostscript
[ftp://mirror.cs.wisc.edu/pub/mirrors/ghost/AFPL/gs854/gs854w32.exe]
papy's softwarelibrary
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ご回答いただき、ありがとうございました！
お教えいただいた方法でうまくいきました。
一部のPDFはIrfanViewで読み込めなかったりするのですが、
そういった場合にも一旦、JPGに変換したあとで、IrfanViewで一括変換できましたので全然問題無しです。
これで、元データはOCRをかけて透明テキストを埋め込んだ上で調べ物用として保存しておき、
一括トリミングしたJPGデータは普段の閲覧用とする、という使い方ができるようになりました。