apacheを立ててCGIを作っているのですが、外部からファイル内容を覗かれているようです。

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外部からファイル内容を覗かれているようです

それは、CGIのスクリプトを生のまま（実行されていない状態）を見られているということでしょうか。

であれば、Vista の設定ではなく、Apache の設定に問題があります。

また、CGI自身に脆弱な部分があり、DDosやクロスサイトスクリプティング攻撃を受けてソースを漏らしてしまっているとしたら、CGIソースを見ないと何とも言えません。

まず、最低限のセキュリティとして、httod.conf が下記のような設定になっているかどうか確認してください。

<Directory />
    Options FollowSymLinks
    AllowOverride None
    Order deny,allow
    Deny from all
</Directory>

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CGIフォルダに対しては、「Apache Tutorial: CGI による動的コンテンツ」が基本的な設定になります。

.htaccess で個別に設定していないことが大前提です。

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前述の通り、Apacheの設定に問題がありますね。

CGIの内容が見えるということは、実行形式になっていないか、

ディレクトリの一覧が丸見えになってるということでしょうか。

Optionsの設定項目の意味合いを理解してから設定する必要があります。

(Indexes FollowSymLinks MultiViews ExecCGI Includesなど)

http://www.ss.iij4u.or.jp/~somali/web/server/httpdconf.html

LAN内での検証であれば問題はないのですが、

Webサーバの設定を理解しないまま、外部に公開するのは非常に危険です。

ちなみにApacheの場合は、.htaccessを使用してディレクトリごとの設定も可能であり、

httpd.confに全ての設定を記述しなくとも対応可能です。

CGIの実行フォルダの記述をhttpd.confに追加するのが面倒であれば、

.htaccessの中に対応する設定を書き込む事で対応できます。

http://www.ponko2.com/win_htaccess.html

http://www.animegif.net/tips/apache/htaccess-apache-win.html

http://httpd.apache.org/docs/2.2/ja/howto/htaccess.html

ただ、本番稼動では設定ファイルが分散してしまい、

一元管理が面倒になるのであまりオススメできません。

あくまで検証用とお考え下さい。