1台のパソコンで2つの映像を同期再生させようとしています。

理論的には2つの映像ファイルを同時にスタートさせると同時に終了します。ですが実際はPCやグラフィックのスペックやOSレベルでの処理が原因で完全に同時には終了しません。また終了したとしても再生中にフレームレベルで完全に一致していない箇所が存在すると思います。
この再生中のフレームのずれをプログラムで補正しようとしているのですがなかなか良い案が思いつかず困っています。再生中のフレームを監視してずれた方の再生速度を調整（ポーズやスロウ）する？1秒間に30fとして毎秒このような処理をさせて機能するのか・・・。
こういうプログラムの経験のある方や詳しい方、アルゴリズムに関するアドバイスを頂けたらと思います。出来るだけ具体的だとありがたいです。
環境はWindowsで映像はWMVかAVI。PCは1枚のグラフィックカードでデュアル設定にしています。それぞれのディスプレイの解像度はXGA（1024×768）でそれぞれの画面にフルで出力します。製作はFlashかDirectorを考えていますがこだわっていません。