現在、一人会社を作りwebシステムの開発を行っております。

市販パッケージソフトの「使用許諾契約」に準じた契約を結ぶのが妥当でしょう。

「一括支払い型のソフトウェア使用許諾契約書」と解説文が参考になります。

契約書名を「ソフトウェア売買契約書」として、金額を明記することもできます。

いくつか注意事項があります。

顧客がソフトウェアの変更を可能にするので、アプリケーションソフトは売り切りにしてください。保守契約は「保守委託契約」という形で別途結んでください。また、オリジナルソフトとの違いが分かるように、オリジナルを封印して御社と顧客の相互で保管するようにしてください。

アプリケーションソフトを動作させる環境（ハード／基本ソフト／ミドルウェア等）は、顧客側で用意してもらってください。もし御社でインストールするのであれば、別途、インストール作業に関わる業務委託契約を結んでください。これは、たとえばオープンソースであるLAMP環境を御社が用意する格好になると、その部分の瑕疵担保責任を問われることになるためです。また、Microsoft製品などの市販製品は、利用者とMicrosoftが使用許諾契約を結ぶ必要があるので、御社が間に入るべきではありません。

契約書は、かならず署名、捺印をしてください。印紙が必要なケースもあります。

メールにて第三者への販売・譲渡について取り決めを行うことは効力はないのでしょうか？

メールにも証拠能力はあるとされていますが、契約書がないと、両社とも会計監査の時に要らぬ疑いをかけられる恐れがあります。契約書はきちんと作成／保管しましょう。

例えば、メールにて第三者への販売・譲渡について取り決めを行うこと

相手からの同意文面があれば、ほぼ有効と考えてかまいません。

日本では口頭のみでの約束でさえ、契約として有効ですから。

ただし実際に問題が起きた時を考えると証拠を提示しないといけませんからその面で若干不利ではあります。

これに関しては現状契約書に勝るものはないでしょう。

このあたりは相手が信頼できる相手かどうかにもよります。

私が一番防ぎたいのはそのシステムを、第三者へコピーし販売したり、譲渡することです。機能追加などの相手先内での改変は問題ないものとします。

念のため確認したいのは、納品物はすべてあなたが作ったもの（もしくは権利を持っているもの）ですよね？

であれば、契約として明示すればそれは有効です。PHP であるか等は一切関係ありません。

文面自体はインターネットから検索したもの等でも十分だと思いますが、書籍なども多くあります。

ソフトウェアの譲渡ということですから、委託開発の場合と（納期などの部分はのぞき）だいたい同じになると思います。

契約書の書式文例77―作成頻度の高い契約書式をそのまま使える形で紹介! (Do BOOKS)

• 作者: 石井 逸郎
• 出版社/メーカー: 同文舘出版
• メディア: 単行本

ポイントいらないです。

うちの会社は

ソースコードそのまま売るならそれなりの値段もらってます。

中にはソースコードー＞売るけど独占権あげないよという契約で

カスタマイズして他にも転売。

格安で提供するなら下記の条件付けています。

追加機能の仕様をしっかりと提供->客がかってにカスタマイズできるよう。

http://www.asial.co.jp/ioncube/

使ってコア部分を暗号化して提供しました。

金あったらZendの暗号化使うのが一番いいです。

ionCube PHP Acceleratorとか入ってないサーバに対しては

http://www.codelock.co.nz/

とか使ったけど動作おかしくなったりとあまりお勧めしません。

契約かわしても明らかにコピーして販売された経験もあります。

実証できなければそれまでです。