SubversionでTortoiseSVNを使ってCakePHPの開発をしています。

私は、最新版ソースをリポジトリから取得する場合は、

トップディレクトリを選択して「SVN 更新」を使っています。

これなら、変更されたファイルだけが上書きされるかと思います。

同様の操作法を解説していると思われるサイトのURLを書いておきます。

http://www.gside.org/Gentoo/subversion/subversion_client2.html

状況をつかみかねますが、以下のようなスタイルですよね？

運用

開発環境で改変
　↓ コミット（svn ci(commit)）
リポジトリ
　↓ アップデート（svn up(update)、最初はco(checkout)）
公開環境を更新

空にせず、app/ 以下で「svn up」コマンドを実施してみてはいかがですか？

あと、branches, tags, trunk などはスタンダードな命名則です、リポジトリの構成次第で「随所で解説されている」方法が可能かと思います。

例

リポジトリ
 |-- branches
 |   |--v1.0.1
 |   |  `-- Sources 
 |   |       `-- app 
 |   `--v1.0.2
 |-- tags
 |   `--v1.0
 |      `-- Sources 
 |           `-- app 
 `-- trunk
     `-- Sources 
           `-- app 

最後に質問内容とはズレますが、webroot以下にも.svnディレクトリができますので.htaccessかなにかで.svnディレクトリへのアクセスを拒否された方がよいかと思います。

コマンド×TortoiseSVN 対応表

• svn up = 右クリック→SVN更新
• svn ci = 右クリック→SVNコミット
• svn co = 右クリック→SVNチェックアウト

＞現在のソース一式（appディレクトリ）をSubversionにインポートしましたが、それをチェックアウトで取得する際にわざわざappディレクトリを空にしているのですが、手法として正しいでしょうか？

正しいと思います。

ただし、他の方の解説にあるように「"app"を"app_"などにリネームしてからインポート」、「新しく"app"フォルダを作ってチェックアウト」のほうがスマートだと思います。慣れるまでは操作を間違えやすいので"app_"のバックアップに助けられることが出てくると思います。

＞なお、この方法だと随所で解説されているtrunkやtagが使えません（使えなくても問題ない？）。

他の方の解説にもありますが、ローカルのルートフォルダとリポジトリルートフォルダを1対1で対応させるわけではありません。リポジトリ側は管理が容易なツリー構成にしておき、その中の特定のフォルダだけをローカルにコピーして使うイメージです。ローカルとリポジトリは全く違う物だということを忘れないで下さい。

以上を踏まえて「trunk/branch/tagsが必要か？」という質問にお答えしますが、この手法を使うことをお勧めします。仕事で使うようなソースをバージョン管理し始めると、かならずbranchやtagsが欲しくなると思います。その時になってからリポジトリ構成を変更するのは大変ですから、trunkだけでも作っておいてください。