株式会社を起業したのですが、色々な事情により発起人のうちの一人が外れることになりました。

「株の所有権を放棄する旨の確認書」というのは、ちょっと一般的ではないと思います。

「つけ込まれるような隙のないような完璧に関係性を切れるような書式」を用意したいのであれば、ルールに沿った手続きをすることをお勧めします。

御社は株式会社ということですので、「株式譲渡契約書」を作成し、取締役設置会社であれば取締役会の承認を、そうでなければ株主総会の承認を得る必要があります。

これ以外の共同出資金と示談金については経緯が不明のため、何とも言えません。

ただ、お互いの税務処理がありますので、その金銭にまつわる勘定科目を明確にし、いつ・いくらを支払ったのか、契約の形で残すべきだと思います。

　株式所有権譲渡契約書を締結することになります。

　相手方の出資額が２百万円であること、すべてを返済した上でそれに見合う利息をひっくるめて百万円の慰労金（示談金ではありません）を支払っていることから相手方は経営権を放棄するといった内容が含まれていればいいでしょう。

　書き方は司法書士に依頼すればいいでしょう。印紙は必要ないようです。

http://www.soumunomori.com/search/?xeq=%E6%A0%AA%E5%BC%8F%E8%AD%...

株式の譲渡になりますので、譲渡契約書を作成し、それを公正証書にすればよいと思われます。

http://www.kouseishousho.com/

勝手ながら前提条件を設定させていただきます。

1.すでに発起人Aとの関係が相当悪くなっている

2.発起人Aの株式保有比率が33%以下である

上記に当てはまるようでしたら、

まずは臨時株主総会を開催し特別決議にて定款の変更を決議します。

具体的には株式の取得条項を設けます。

定款の文面に不安があれば迷わず弁護士に相談してください。

設立時にお世話になった公証人と良好な関係でしたらそちらでも良いでしょう。

ここまででとりあえず法務局にて定款の変更登記の手続きをしておきます。

また、株式取得（発起人Aにとっては譲渡）時の金額の算出においては、

その金額の妥当性が後で問題となることが多いので必ず税理士と相談の上で決めてください。

発起人Aが素直に話合いに応じるようでしたら株式取得契約書を用意して

お互いに円満に"調印"という形でも構わないかと思いますが、

すでに話し合いができない状態であれば、変更済みの定款の規定に基づく

手続きの"通知"という形をとらざるを得ないかもしれません。

実際の手続きにおいては、株券の発行を行っていないのであれば

現物の株券の受け渡しは発生しませんので、

発起人Aに対する支払いは証拠が残るよう必ず金融機関への振込としてください。

なお、会社が発起人Aから株式を取得した後、その株式をどのようにするのかですが

質問者様が取得されることを強くお勧めします。

最後に念のため、発起人Aが御社と取引のある法人や顧客に対して、

何らかの妨害行為を働く恐れが懸念される場合は、

発起人Aとの関係がなくなったことについて、

Webや手紙などで告知を行う必要があるかもしれません。

前提。

Ａ・今回の場合、株の所有権の放棄というのはないので、株式を買い取ります。

Ｂ・取締役は、株主から委任を受けた経営者。被雇用者は会社から雇われた労働者。

　　３者の力関係は、法令の範囲内で、次の順です。①株主(総会)②取締役③労働者

Ｃ・株式自体の100万＝設立時の払込金額と仮定

Ｄ・創業時に共同で出した100万＝会社への貸付金（会社の決算内訳）と仮定

Ｅ・示談金100万＝？

Ⅰ整理

　まず、Ｄの共同で出した100万円が、会社の為の支出として会社の決算内訳や

試算表で借入金として残っているかを確認して、残金を返済して下さい。

　全額が、会社の残高になっていないこともあります。これは、清算済であったり、

そもそも、会社の経費として認められる支出ではなかった場合があります。

　本来は、未清算の残高だけを会社が返済すればいいので、残高以上の金額を会社が

支払うことは出来ません。

　そこで、差額も支払うのであれば、株式の買取代金に上乗せするのがベターです。

　株の所有権の放棄の確認書では、会社法上、株主であることにかわりがないので、

株式を買い取る必要があります。（売らないといわれたらそれまでです。）

　株式は、会社又は他の個人が買取ますが、会社が自己株式として買取ためには、

制約条件が多く、詳細な資料なしに、判断できません。

　ここでは、他の個人が買主になることを前提にします。

　最後に、Ｅ・示談金の100万ですが、示談として整理する内容の話ではないので、

会社が利益をあげたことによる、株式の価値の増加分として、Ｃ＋Ｅ＝200万

（＋Ｄの残金は上記参照による任意）で買い取ればいいと思います。

Ⅱ手続き

①会社の決算内訳・試算表に残高として残っている、相手の債権債務を清算する。

　借入金・貸付金・仮払金・未払金・立替金等

②相手と、あなたで、株式譲渡契約を結びます。（契約書の作成・代金決済）

③株式の譲渡について、会社の謄本を確認して、譲渡制限があったら、

　株主総会又は取締役会等を開催して、譲渡承認を決議します。

　（議事録の作成・謄本・定款の確認）

④会社の株主名簿を書き換えます。（株主名簿の株主の変更）

Ⅲ専門家へ依頼する場合の注意点。

　専門家と言っても、得手不得手があるので、得意な方に依頼して下さい。

譲渡契約書は作成しても、譲渡承認の手続き書類だけ作り実施してなかったり、

株主名簿まで気が回らない方もいます。

　依頼するなら、関係を残さない個人と会社の手続き一式として相談してみて、

確認の必要な書類や処理の流れと作成の必要な書類をキチンと整理

（後日回答を含めて）出来ない方に依頼すると、思わぬところで処理もれを

されてしまうことがあります。