自分のウェブサイトに動画を載せる方法として、

②の場合のファイル形式ですが、サイズ重視ならFLV形式（Flashビデオ形式）でいいと思います。

画質・音質を重視するなら、H.264 AAC（MPEG-4）をお勧めします。我が家のサイトでは、こんな感じでH.264のムービークリップを掲げています。再生には QuickTime が必要になります。

①のメリット

サーバを借りずして、動画を配信できる（フリーライダー説）

②のメリット

時間制限やファイル容量に関係なく動画をアップできる。

①のデメリット

Youtubeの動画アップには確か時間制限があり、自由度が損なわれる。

②のデメリット

サーバを借りる必要があり、人気の動画となれば、高負荷になり可能性がある。

サーバなどに関することは、お二方がすでに述べていますのでユーザビリティーについて書いておきたいと思います。

①の場合、ストリーミング配信するので基本的にFlashがインストールされているブラウザであればすぐに再生可能。

②の場合は、ストリーミングサーバを使わないと思いますので再生までにバッファ処理を必要としますので生成ボタンを押してから再生されるまで動画の時間と回線の速さに依存しますが①と比べるとかなり遅いです。

再生時間と画質を検討して、どちらかを選ぶと良いでしょう。